Искусство бонсай принципиально противостоит поверхностным, массовым видам искусства. Оно по природе своей диалогично - обращено к «своему» зрителю, который поймёт его с полуслова. 

   В исконной религии японцев не было изображений божеств в образе человека. Божество для них – это Нечто, не имеющее человеческого обличья. Японцы могли поклоняться дереву, цветку, воде и камню. И даже императора – живого синтоистского бога - не было принято изображать. При необходимости императора Японии рисовали скрытым за облаками. Так продолжалось до правления императора Мейдзи (1868-1912), портреты которого появились в каждом японском доме.

   Основой искусства бонсаи стали вера в живой дух растений и понимание источника этого животворящего духа, на котором держится вся Вселенная. Поэтому можно считать, что миниатюрное деревце бонсаи зримо и рукотворно воплощает основы национального мировосприятия японцев. Это и мировое дерево, и его ипостась – гора, символ учения – чаша, а ствол и ветви – целое и часть целого.

   С начала семнадцатого века буддизм стал в Японии единственной официально разрешённой религией. Но, как и все «заморские» духовные ценности, буддизм был превращён японцами в «широко говоря, синто этого периода». Таким образом, японцы не противопоставляли свою исконную веру буддизму, а лишь включили Будду в сонм своих вездесущих божеств синто. Дерево и его ветви считаются в буддизме ритуально чистыми. Буддийский культ дерева Бодхи (под которым, согласно преданию, Будда Шакьямуни достиг просветления) во многом предопределил не только особенности структуры, но и глубинный символизм бонсаи.

   Буддийская святыня, называемая пасана-ведика, представляет собой дерево Бодхи, обнесённое каменной оградой. В широком смысле эта святыня являлась прообразом для создания бонсаи.

   С деревом у японцев также связан культ женского божества (или супружеской пары). Порой в легендах это божество является дочерью дерева. Важную смысловую нагрузку в этом культе несёт, в частности, выбранное для поклонения дерево расщеплением в стволе или дерево с раздвоенным стволом. Поэтому деревья с такими отличительными элементами японские мастера бонсаи использовали в своих работах как формообразующие.

   Важнейшей геометрической формой в бонсаи является треугольник во всех его вариантах. Треугольник символизирует:

• плодоносящие силы Матери-земли;

• гору, священную буддийскую гору Сумер (Сумеру, яп. Сюмисэн);

• троицу, триаду (Небо – Земля - Человек);

• трикайя – три тела Будды (самбхогакайя, нирманакайя, дхармакайя);

• рождение – жизнь – смерть;

• тело – ум – душу.

   Бонсаи призван вселять в человека веру в жизнь и бодрость, несмотря на все жизненные разочарования и вопреки им.

   В японской мифологической традиции гончар создаёт человека (или даже весь мир) из глины, поэтому гончарное ремесло воспринималось как божественное творение. Таким образом, и глиняный сосуд, в котором выращивали миниатюрное дерево, при восприятии бонсаи японцами также приобретал символическое значение.

   Несмотря на религиозный символизм, присущий бонсаи, японской традиция считает его более «приземлённым» видом искусства по сравнению с икэбаной. Это связано с тем, что бонсаи всё же представляет весьма конкретный миниатюрный пейзаж, в то время как икэбана полностью символична и условна.

   Реальный возраст дерева в бонсаи не имеет большого значения, поскольку понятие «древнего» в японской традиции не связано со временем создания конкретной формы из конкретного материала. В сущности, единственной подлинной ценностью в бонсаи обладает сама художественная идея, лежащая в основе этого живого произведения искусства. 

   В традиционных бонсаи предстают в своеобразной овеществлённой форме основы японской классической эстетики:

• моно-но аварэ – скрытое очарование вещей;

• югэн – глубинная красота тайного;

• сибуи – красота скромности и натуральности;

• ёдзё – искусство отклика, отзвука или намёка;

• ваби – внутреннее совершенство при внешней неброскости и простоте;

• саби – патина древности, заброшенности, печаль одиночества.